1368年，朱元璋在南京称帝，建立大明王朝。洪武六年(1373)，历代帝王庙始建于南京。分别崇祀三皇、五帝、夏禹、商汤、周文王、周武王、汉高祖、汉光武、唐高祖、宋太祖、元世祖。次年，庙成，朱元璋亲自祭奠。洪武二十一年(1388)，设立从祀诸，“定以风后、力牧、皋陶、夔龙、伯夷、伯益、伊尹、傅说、周公旦、召公奭、太公望、召虎、方叔、张良、萧何、曹参、陈平、周勃、邓禹、冯异、诸葛亮、房玄龄、杜如晦、李靖、李晟、郭子仪、曹彬、潘美、韩世忠、岳飞、张浚、木华黎、愽尔忽、愽尔术、赤老温、伯颜凡三十有七人从祀历代帝王庙”。

大明洪武四年（1371年）岳飞复寺。定拟岳飞乃宋中兴名将，应而祀典，拟称为“宋少保鄂国武穆王”每岁十二月子十九日致祭。乃彰国褒忠之典。

大明英宗天顺年间（1457--1464年）重修祠墓，改“褒忠衍福禅寺”为岳王庙，并赐额“忠烈”。

明武宗朱厚照正德八年（1513），都指挥使李隆在杭州岳坟前铸秦桧、王氏、万俟卣三人反绑铜像。

正德四年(1509年)镇守太监刘璟见 岳庙围墙坍塌、屋宇颓圮，捐己资，与众地方官吏协力重修，并于庙门外鼎建一座石牌坊，题额“精忠祠”。 

正德十二年（1517年）镇守太监王堂重修岳庙，在寝殿内重新塑了岳飞夫人李氏及子女像，并题匾誉为“一门忠孝”。 

嘉靖三十三年(公元1554年)神宗朱翊钧万历二十二年（1594），浙江按察副使范涞增铸张俊跪像，成为四跪像。

 天启四年(1624年)钦差大臣傅宗龙巡浙，修废举坠，捐资缮修岳庙，并采纳高应科的建议，在岳庙内增建启忠、继忠、翊忠、流芳、土地五祠。 

康熙六十年(1721)，其从祀功臣。原祀黄帝臣风后、力牧，唐虞臣皋陶、夔龙、伯夷、伯益，商臣伊尹、傅说，周臣周公旦、召公奭、太公望、召虎、方叔，汉臣张良、萧何、曹参、陈平、周勃、邓禹、冯异、诸葛亮，唐臣房元龄、杜如晦、李靖、郭子仪、张巡、许远、李晟，宋臣曹彬、韩世忠、岳飞，金臣斡鲁、粘没喝、斡离不，元臣木华黎、伯颜，明臣徐达、刘基三十九人从祀历代帝王庙。

雍正九年(1731年)浙江总督李卫拔款重修墓、庙，并整治庙前杂乱建筑与集市，于神道前重建石牌坊，颜其额曰“碧血丹心”,神道两边种植松柏花木，罗列成行，直至庙前，恢复肃穆的观瞻气氛。

 乾隆12年（1747），布政使唐模重铸四跪像。

乾隆年间（1751-1784年），乾隆曾先后六次南巡到杭州，每次南巡，或亲自驾幸岳飞墓、祠，或委派皇子、大臣拜谒，这期间，地方官府对岳飞墓、祠更是随时修葺，鼎新庙貌，以待临幸。

嘉庆六年(1801年)浙江巡抚阮元重修，大门悬挂“岳王庙”匾额。 

嘉庆7年（1802），巡抚阮元用收缴的外国海盗铁炮兵器改铸四跪像。

同治4年（1865）布政使蒋益澧重修岳飞祠墓，又重铸四跪像。

光绪23年（1897）布政使张祖翼又重铸四跪像，并刻碑记之。